ラムサール条約湿地、ウトナイ湖の自然を展示や映像で紹介しているほか、館内からは望遠鏡で水鳥を観察することができます。10月～11月、3月の中・下旬はマガンやヒシクイ、カモ類が多く見られ、厳冬期はオオハクチョウ、結氷した湖上にオオワシやオジロワシの姿もあります。また、周辺及びネイチャーセンターまでは自然観察路が整備され、初夏はノゴマなど夏鳥のさえずりを聞きながら散策が楽しめます。特にエゾノコリンゴの白い花が彩りを添える6月はオススメです。このほかホザキシモツケがピンク色の花を咲かせる夏、紫色のエゾリンドウが見られる秋もいいですよ。当センターでは湖の自然に親しむイベントをほぼ毎月開催しています。